בן מרים וגבריאל הופרט. נולד ביום ט"ז בסיוון תשי"ב (9.6.1952) בלוד. אח למשה.

יהונתן, נתי בפי כולם, גדל בלוד עד גיל שבע ואז המשפחה עברה לנווה מונוסון. הוא למד בבית הספר היסודי "אורנים" בנווה מונוסון והמשיך את לימודיו בתיכון "אורט סינגלובסקי" בתל אביב, במגמת מכניקה עדינה.

בשנות לימודיו היה חניך ובהמשך מדריך אהוב, פעיל מרכזי ורשג"ד (ראש גדוד) בשבט "מכבים" בתנועת הנוער "הצופים" ביישוב מגוריו.

ב-10.8.1970 התגייס נתי לצה"ל. הוא שירת בחיל חימוש כמכונאי טנקים בבסיס ג'וליס. אחרי שסיים קורס קצינים בבה"ד 1 והשלמה חֵילית הוצב כסגן קצין חימוש בבסיס האימונים בצאלים.

במלחמת יום הכיפורים ב-1973 שירת בגדוד שריון 443 כסגן קצין חימוש. הגדוד לחם בסיני בקרבות הבלימה מול המצרים, לאחר מכן צלחו את התעלה ונלחמו בעיר סואץ. נתי יצא בראש חוליה טכנית אל מעבר לקווי האויב לחילוץ נועז של טנק פגוע, תוך סיכון חייו וחיי החוליה הטכנית, ועמד במשימה בהצלחה. כתבה על המבצע פורסמה בעלון "מערכות חימוש".

בתום שירותו הצבאי המשיך את לימודיו המקצועיים לתואר הנדסאי תעשייה וניהול. כשהוסמך להנדסאי עבד בחברת "מוטורולה", שם שימש כעוזר סמנכ"ל התפעול. הצטיין בעבודתו, וב-1980 הוענק לו פרס העובד המצטיין.

ב-1976 נשא לאישה את פנינה. בני הזוג הקימו בית בנווה מונוסון ונולדו להם שתי בנות - רונית וטל. הוא היה בעל ואב נפלא למשפחתו ומלא תקוות לעתיד עבורם. שמר על קשר חם עם כל קרוביו, בלט כבן מסור להוריו וכאח למופת.

נתי היה בעל אופי נעים, אהוב מאוד על משפחתו וחבריו הרבים. אהב לעסוק בספורט ובמלאכת יד והִרבה לטייל בארץ, השתתף עם משפחתו בצעדות רבות. בנוסף היה פעיל מרכזי בתחום החברתי וההתנדבותי ביישוב מגוריו, "ידו הייתה בכול ודמותו בלטה תמיד בכל האירועים החברתיים ביישוב", תיארו אוהביו.

ב-1982, במלחמת שלום הגליל בלבנון, הוא שירת במילואים כקצין חימוש בגדוד 8132, שלחם בקרב בסולטאן יעקוב כנגד צבא סוריה. בתום המלחמה הועלה לדרגת סרן.

בעקבות הקרב הקשה, שבסופו נמנו בגדוד שמונה נופלים ופצועים רבים, לקה בהלם קרב, ובשנים הבאות מצבו הידרדר.

יהונתן (נתי) אפרת נפטר ביום י"ג בטבת תשמ"ה (5.1.1985). בן שלושים ושלוש שנים בפטירתו. הוא הובא למנוחות בבית העלמין בחולון. הניח אישה ושתי בנות, הורים ואח.

נתי מונצח באתר הרשת של חיל הטכנולוגיה והאחזקה (בעבר – חיל חימוש) ובאנדרטת נופלי החיל בנתניה. כן הוא מונצח באנדרטת הנופלים בני נווה מונוסון.